- 1976年に「伊賀上野くノ一サッカークラブ」として三重県上野市(現・伊賀市)で創設。
- 1988年、三重県伊賀町(現・伊賀市)に工場を持っている精肉メーカー・プリマハムがスポンサーとなり「プリマハムFCくノ一」として活動。
- 1989年、第1回日本女子サッカーリーグに参加。
- 1995年、18戦18勝の成績でLリーグ・なでしこリーグ含めて唯一の全勝優勝。
- 2000年、プリマハムがスポンサーより撤退したため、市民クラブ化し、伊賀上野フットボールクラブに名称を変更。
- 2007年、リーグ戦7位。入替戦はジェフユナイテッド市原・千葉レディースにPK戦で勝利(1部残留)
詳細は「2007 日本女子サッカーリーグ#なでしこリーグ入れ替え戦」を参照
- 2008年4月7日、運営法人の「NPO法人伊賀フットボールクラブ」を設立(2010年10月1日に「NPO法人伊賀フューチャーズクラブ」に改称)。リーグ戦は8位に終わり、入替戦でスペランツァF.C.高槻に敗れて2部に降格した。
詳細は「2008 日本女子サッカーリーグ#なでしこリーグ入れ替え戦」を参照
- 2010年、リーグ戦10位に終わるが、入替戦でスペランツァF.C.高槻に勝利(1部残留)
詳細は「2010 日本女子サッカーリーグ#なでしこリーグ/チャレンジリーグ入れ替え戦」を参照
- 2012年、自動車部品メーカー・エクセディとスポンサー契約を締結。選手の多くを伊賀市内の同社上野事業所に勤務する嘱託社員として受け入れることを発表。
- 2014年、リーグ戦で9位に終わるが、入替戦で日本体育大学に勝利(1部残留)。
詳細は「2014 日本女子サッカーリーグ#なでしこリーグとチャレンジリーグ間」を参照
- 2019年5月14日、2020年よりチーム名を伊賀FCくノ一三重に変更すると発表した。
- 2020年10月15日、WEリーグへの初年度参入申請を行っていたが、ホームスタジアムである上野運動公園陸上競技場が、WEリーグが基準とする要件をすべて満たしていないため見送られたことが発表された。
- 2021年9月25日、オルカ鴨川FC戦に勝利し、22年振り3度目のリーグ制覇を果たした。シーズンを通して一度も首位を明け渡さず、2位に勝ち点12差をつけた独走状態での優勝となった。