FK UFA

2010年半ばにバシコルトスタン共和国の大統領であるルステム・ハミトフはウファにプレミアリーグレベルのクラブを設立する必要性を語った。クラブは3部リーグに所属していたБашинформсвязь-Динамоを元に基礎を形成した。クラブの名称はサルマートとされる予定であったがルステム・ハミトフは反対していた。最終的にクラブ名は「FCウファ」に決定され、クラブは2部昇格を目標に定められた。初代監督はアンドレイ・カンチェルスキスとなり、コーチ・コンサルタントにはアナトリー・ブイショヴェツが就任する予定であったがブイショヴェツは断った。

クラブ最初の公式試合はロシア・カップのСызрань-2003との試合である。試合はPK戦まで縺れ込んだが3-4で敗れた。FCウファは3部リーグのウラル-ヴォルガのゾーンに組み込まれ、2011年4月24日にリーグ戦が開幕をした。第1節のFCチュメニとの試合 (3-1)ではコンスタンチン・イオノフが3得点を挙げる活躍をしてクラブ初勝利を記録した。2012年5月18日、監督のカンチェルスキスとクラブは双方同意の下で契約を終了した。5月20日のFCヒミク・ジェルジンスク戦はアンドレイ・マライが暫定監督として指揮を執った。同月21日、イーゴリ・コリヴァノフが監督に就任することが発表された。2011/12シーズンのリーグ戦は2位に終わり、本来なら昇格することは出来なかったが、2部に所属していたFCディナモ・ブリャンスクがライセンス剥奪（降格）されたために席が空き、2部へのライセンスを持つ唯一の3部クラブであるFCウファの昇格が決定された。

2013-14シーズンは2部で4位になり、昇格プレーオフでもFCトム・トムスクに勝利し、ロシア・プレミアリーグへの初昇格を決めた。

2014年7月、浦和レッドダイヤモンズに所属していた赤星貴文が加入した。

2017-18シーズンは、元ロシア代表のセルゲイ・セマク監督に率いられたチームは6位と躍進し、FKトスノの財政難によるUEFAヨーロッパリーグ 2018-19出場権剥奪に伴い、繰り上げで予選2回戦からの出場となった。